Attualmente, della struttura della chiesa restano solamente due muri e, dalla forma esterna della cripta, si può dedurre che la chiesa fosse dotata anche di un’abside semicircolare e che la cripta si trovasse al di sotto dell’altare. Dopo il terribile terremoto del 990, i monaci benedettini di Montecassino fecero ricostruire tutto ciò che era stato distrutto dal sisma dai maestri di Valva. Furono proprio loro i probabili autori della Cripta di S. Giovanni in Leopardis. Dopo il la chiesa fu abbandonata per la nuova e più comoda chiesa di S. Caterina a Borgocollefegato, successivamente intitolata a di S. Anastasia. Proprio per questo motivo, nel 1745, la chiesa di S. Anastasia fu abbellita con il portale ed il rosone sottratti alla chiesa di S. Giovanni, che fu ulteriormente danneggiata da cattivi restauri e atti di vandalismo. Attualmente ciò che rimane dell'antica chiesa di S. Giovanni in Leopardis è soltanto la Cripta, che può essere considerata parte di uno dei più interessanti santuari italico-romani. Essa è a pianta basilicale con un abside semicircolare situato sul lato lungo con orientamento a nord-ovest. La pianta è costituita da tre navate con le volte a crociera, illuminata da strette monofore e le otto colonne che sostengono le volte hanno otto capitelli variamente decorati, fitomorfi, soprattutto foglie di acanto stilizzate con elementi stellari, zoomorfi ed antropomorfi.

Nel 1981 fu restaurata dal Comune di Borgorose, ma pochi anni dopo, nel 1984, la Cripta subì un gravissimo ed irreparabile danno: ignoti, approfittando del pubblico disinteresse, spezzarono cinque colonne che sostenevano altrettanti capitelli, rubandoli e provocando così il crollo di parte delle volte. Nel 2019 due dei cinque capitelli trafugati sono stati riportati sul territorio di Borgorose, con l’installazione di una mostra permanente presso il Museo Archeologico Cicolano. Il recupero è frutto di una lunga indagine investigativa svolta dal Comando Carabinieri Tutela Patrimonio Culturale conclusa nel 2018 dopo più di trent'anni di ricerca. La riuscita dell’operazione, coordinata dalla Procura della Repubblica di Spoleto, è il risultato del costante monitoraggio che l'Arma svolge nel settore antiquario attraverso capillari controlli amministrativi su tutto il territorio nazionale.